Hlavní budova muzea je architektonickým objektem zapsaným v seznamu kulturních památek České republiky. Byla postavena přímo pro Museum královského hlavního města Prahy v letech 1896 až 1898 v novorenesančním slohu podle návrhů architekta Antonína Balšánka.
Expozice:

• Historická Praha (dějiny města a jeho obyvatel od pravěku do r. 1784),
• Langweilův model Prahy z let 1826 – 1834 (unikátní a nejatraktivnější exponát muzea).